鼠类作为生态系统中的成员，其作用表现在多方面。如草原生态系统中，鼠啃食牧草，直接或间接分食了畜禽的食物，其对人类利益是有害的。但草原上的鼠类普遍是次级消费者——食肉动物，如狐、鼬、鹰隼等的食物，如果失去作为它们食物基础的鼠类，其难以繁衍，难于保持生产者、初级消费者以及次级消费者之间的平衡，不利于生态系统中生物多样性的保持。一些啮齿动物，有时也取食害虫或虫卵，如小家鼠在蝗虫滋生地可以大量取食蝗虫卵。在自然生态环境中，保持适量的啮齿动物种群，即使是少数可造成危害的啮齿动物，有时不仅不会对人类构成危害，还有助于食肉类野生动物的生存，对于保持自然生态平衡具有不可替代的作用。对鼠类，危害种类应当采用科学方法控制，将其种群密度控制在危害阈值以下，消除危害；对有益或稀少、濒危种类则必须保护。例如，河狸、巨松鼠、海南兔、塔里木兔和雪兔等5种，早在1988年就已列入国务院批准的《国家重点保护野生动物名录》，成为法定的国家一、二级保护动物；2000年又有2目6科49种啮齿动物进入《国家保护的有益的或者有重要经济价值的陆生野生动物名录》；此外，还有不少种类列入各省（自治区、直辖市）的《地方重点保护野生动物名录》。