黑线姬鼠栖息环境比较广泛，不论是平原、丘陵、山地、林区、草甸、荒滩、坟地等均可栖居，主要栖息于各种农田、旱地耕作区及山坡灌木、草丛中，喜栖居于农田田埂、沟边、路边、河塘边、坟堆、草堆、乱石堆、杂草、沼泽地等，特别是比较潮湿的地方数量最多，在农村偶尔也进入居民区。

　　黑线姬鼠属洞穴鼠种，洞穴结构比较简单，洞穴分为栖居洞和临时洞两种。栖居洞一般都有2个以上洞口，以有3个洞口者居多，少数有多达5~7个洞口，洞口与洞口之间的距离不等，近者仅10余厘米，远者达3米以上，多数在1米范围内。洞口分“出入”洞口和“天窗”洞口，“出入”洞口直径约2~3厘米，较光滑，洞口外面往往有黑线姬鼠的粪便和足迹，洞道最大深度距地面垂直距离约0.3~1米，洞道全长0.5~2米不等。天气越严寒，黑线姬鼠洞道打得越深。洞内有岔道及盲道，窝较简单，在不同环境中由不同桔草组成，窝成盘状，多数为7~9厘米，一个洞内多数只有1个窝，少数有2~3个窝。临时洞为夏季觅食临时柄居的地方，洞道较浅，洞内无窝。

　　黑线姬鼠是杂食性鼠种，以取食农作物为主，喜食种子、果实，也食绿色部分，偏食水稻、大小麦豆类、甘薯等，食性随田间作物生长发育而变化。黑线姬鼠正常日食量8.5~11克，进食量随着食物含水量和含盐量增加。据调查，黑线姬鼠食量最重11.5克，最轻0.5克，平均4.57克。据农科所资料，黑线姬鼠平均日食量为8.58克。

　　黑线姬鼠一年四季皆活动，由于受气温和食物因素的影响，在春、秋季活动比较频繁，而盛夏和寒冬季节活动明显减少，但无冬眠现象。与农作物成熟的更新有很大的关系，为了寻找丰富的食物条件和良好的隐蔽场所，有随着不同作物生长发育成熟收割和播种而产生迁移现象。黑线姬鼠昼夜均可活动，以夜间活动为主，黄昏和黎明最为活跃，为夜出双峰型种类。

　　黑线姬鼠在我国多数地区冬季停止繁殖，北方地方繁殖期较短，一般4~10月，其北则在5~9月，12月至翌年2月为繁殖休止期；在长江流域及以南地以繁殖季节从2月幵始，多数在3月份，主要繁殖时期多在3~11月，有的地区1~12月均可繁殖，黑线姬鼠的繁殖期和繁殖高峰因地而异。